2014年7月25日 星期五

Deep learning tool : Theano 安裝

Theano 是 python 上的一個deep learning的toolbox

Theano的安裝的確搞了我好久

以下是安裝步驟:

1.用Anaconda3-2.0.1-Windows-x86安裝python3.4
    Anaconda內已經含有numpy以及scipy
    下載Anaconda3: http://continuum.io/downloads

2.下載Theano
    https://pypi.python.org/pypi/Theano#downloads
   將Theano解壓縮後
   以cmd(命令提示字元)進入theano解壓縮後的資料夾

   cmd 執行 python setup.py install

   會自動將theano裝入Anaconda內

3.在初始資料夾(進cmd時所在的資料夾位置) 內新增 ".theanorc.txt"
   其內容:
    [global]
    openmp=False

   [blas]
   ldflags =

  [gcc]
  cxxflags=-IC:\Anaconda\MinGW

4.在Path 環境變數 新增 g++ 位置
   Path環境變數在哪?
   ->右鍵我的電腦->內容->進階系統設定->進階->環境變數->下方系統變數找到"PATH"

  新增:
  C:\Anaconda\MinGW\lib
  C:\Anaconda\MinGW\i686-w64-mingw32\lib

5.打開python試看看 import theano
   沒錯誤就成功囉~
   有g++錯誤便須檢視PATH是否存有指向其他編譯器的路徑,需刪除
   有str編碼錯誤就在錯誤的CODE中加入 ".encode('utf-8')"
 
6.要用GPU必須安裝 pyCUDA
 


 
   

2014年7月10日 星期四

嗅覺的量子理論


又來轉自己文章了XD

https://www.ptt.cc/bbs/Cognitive/M.1267975538.A.668.html



Rogue theory of smell gets a boost http://www.nature.com/news/2006/061204/full/061204-10.html 『物理學家』測試一個關於鼻子如何運作的大膽的假說 Philip Ball Published online: 7 December 2006 doi:10.1038/news061204-10 一個關於我們如何嗅聞的可疑理論,其宣稱我們對於氣味的細微知覺是依靠 量子力學,被一群物理學家團隊稱讚。 經由 University College London(UCL)的研究者計算,顯示我們經由感 知氣味分子的振動(vibrations)而聞到氣味的這個點子,就物理上來說, 具有意義 (1)。 不過要證明這個理論(1990 年年中由生物學家 Luca Turin (2) 所提出) 是正確的,仍有段距離。不過那已經讓其他科學家對於這個點子更加嚴肅的 看待。 "那是一種大躍進," Turin 說,他在維吉尼亞州開了一家屬於自己的 Flexitral 香水公司。他表示,自他發表理論之後,"它就被忽略了,而非 被批評。" 奇特味道 大部分的科學家假設定,我們的嗅覺是依賴鼻子當中的受器,來偵測進入分 子的形狀,那會觸發一個信號到達腦部。這種分子的 "鎖與鑰" 過程,被認 為廣泛地遍佈在人體的偵測系統當中:例如,這是某部份免疫系統如何辨識 入侵者,以及舌頭如何分辨某些味道。 但是 Turin 爭論道,嗅覺看起來與這幅圖像不太吻合。那些看起來幾乎一 樣的分子,聞起來可以非常的不同 -- 例如:酒精(乙醇),聞起來就像烈 酒(spirits),而硫醇類(thiols),聞起來則像臭雞蛋。但是,結構十 分不同的分子,聞起來卻很相似。 很明顯地,某些分子聞起來可以很不同 -- 對某些動物而言,不竟然是人類 -- 只因為它們包含不同的同位素(那些原子的化性相同,但質量 [中子數] 不同)。 Turin 對於這些臭味事實的解釋,引發了下面這個主意:嗅覺受器蛋白當中 的嗅覺訊號並非由氣味分子的形狀,而是其振動所致,那能夠激發電子在受 器的二個不同部份跳躍所致,這種量子力學的過程稱為穿隧效應( tunnelling)。這種電子移動可以開初始化送往腦部的嗅覺訊號。 這可以解釋為何同位素聞起來不一樣:當原子較重時,它們的振動頻率會改 變。Turin 的機制,UCL 團隊的 Marshall Stoneham 表示,比較像感應卡 片,而一把能夠符合鎖形狀的鑰匙。 由振動所支持的電子穿隧效應,毫無疑問會發生 -- 它已經在一個實驗性質 的技術當中被使用,用來測試分子振動。"問題是,這有沒有可能在鼻子發 生," Stoneham 的同事 Andrew Horsfield 表示。 難以置信 Stoneham 表示,當初他聽到 Turin 的點子時,那時 Turin 他自己也在 UCL,"我無法相信"。但是,他提到,"因為那是一個有趣的點子,我認為我 應證明它是否有用。我做了某些計算,然後開始覺得 Luca 可能是對的。" 現在 Stoneham 以及他的共事者已經更徹底的完成這項工作,該份論文很快 就要在 Physical Review Letters 上發表。 關鍵的議題在,處於適當位置的跳躍比率是否比沒有的來得大。計算結果顯 示應該如此 -- 這表示以這種方式進行氣味識別,在理論上似乎可行。 但是 Horsfield 強調,這與 Turin 點子的證明有所不同。"到目前為止, 那看起來可能,但我們需要適當的實驗證明。我們正在考慮哪一種實驗可以 進行。" 在此同時,Turin 先行超越他的假說。"在 Flexitral 我們已基於它們算出 來的振動,設計專門的氣味," 他說。"我們在氣味探索的成功率比其他對 手要大上 2 個數量級 (百倍) 。" 最後他把他的錢放在他鼻子所在之處( 意指賺大錢)。 __________ References 1. Brookes J. C., et al. Preprint, http://www.arxiv.org/abs/physics/0611205 (2006). 2. Turin L., . Chem. Senses , 21 . 773 - 791 (2006). -- 我把內文 簡單summary一下 嗅覺在生理學課本上仍是Key and Lock模型 也就是氣味分子與對應受器結合後,則產生對應嗅覺 嗅覺的量子理論則是以兩點反駁 1.分子結構相似的氣味分子卻有不同的味道 2.分子結構完全不同卻可以有相同的味道 Turin提出的理論則從分子的振動頻率出發,猜測開啟受器的方式是由分子的振動模式促 發。 Turin原本的論文中指出硼烷有硫磺味的原因在於B-H鍵結與S-H鍵結有相似的振動頻率 但是還是沒有辦法解釋分子振動如何轉成生物電訊號? Stoneham (2007)用電子穿隧效應解釋之 受體受到某些頻率的分子影響時就會發出電訊號 稱為"聲子穿隧" (這個我就不懂了XD -- 八卦是Turin提出這個理論受到很大很大的抨擊 沒有學術期刊願意登他的論文,被迫離職 現在在開香水公司 -- 一些生物理論仍然在使用key and lock理論 包括 神經傳導物質 病毒與抗體 等 標準的key and lock model 每一種神經傳導物質有相應的受體 似乎是現代神經科學不可打破的教條

嗅覺的量子理論出現是否能解釋某些神經藥物帶來的現象?


例如:多了CH3的甲基安非他命效果更強大




2014年7月9日 星期三

百事可樂與可口可樂

轉自己的文,應該沒問題吧ww

標題 Re: [問卦] 百事可樂與可口可樂

 作者  followwar (揚羽)                                       看板  Gossiping
 標題  Re: [問卦] 百事可樂與可口可樂
 時間  Sat Jun 27 12:42:14 2009
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: : Michael Jackson的去世讓我想起百事可樂
: : 我記得百事可樂曾經砸重金邀請Michael當代言人
: : 可是還是打不過可口可樂
: : 百事可樂在台灣就比可口可樂便宜一點點
: : 兩種可樂我都喝
: : 不過還是可口可樂喝起來順口
: : 可口可樂一入口就到吞下肚後  整個的口感很一致
: : 從頭到尾都帶有很希微的焦糖甜味
: : 百事可樂一入口時  會覺得可樂味道稍為輕了一點
: : 還會有一點點藥味的感覺  但是不嚴重
: : 等到全都吞下肚後  收尾的味道會有一點點點點點的苦
: : 兩種配方當然不同
: : 不過為何百事可樂老是砸重金  都還是打不過可口可樂
 
沒想到我也有八卦的一天
 
Neural Correlates of Behavioral Preference for Culturally Familiar Drinks
 
Samuel M. McClure,1,2 Jian Li,1 Damon Tomlin,Kim S. Cypert, Latane′ M. Montag\
ue,
and P. Read Montague
 
在Neuron期刊2004年發表的文章
 
此篇論文探討百事可樂與可口可樂的神經積轉
 
作者在行為測試有分兩種
 
1.盲測: 兩杯沒有標示的杯子 分別放入百事與可口 問受試者喜歡哪杯
 
2.半盲測: 一杯有標示品牌 一杯沒有 問受試者沒有的那杯是什麼可樂
 

在受試者方面 一開始會問受試者比較喜歡百事或可樂 由此分類受試者
 
行為階段的測試是喜歡百事的人與喜歡可口的人
 
在盲測下選擇可口可樂的次數 沒有差異
 
>>表示就算那個人比較喜歡哪一品牌  在盲測下他還是喝不出來
 

並且他們使用了FMRI來做測試
 
發現在盲測作業下受試者的偏好與ventromedial prefrontal cortex(VMPFC)
有顯著的相關
 

VMPFC可能是處理有關感覺訊息的部份
 
----
 
而在半盲測的階段
 
受試者在標示杯為可口可樂時,顯著的會選擇另一杯為可口可樂
 

然後後面就是以FMRI探討為什麼知道品牌後就會這樣的逆轉性的差異?
 
發現了DLPFC 海馬迴在這作業都活化了
 
DLPFC是屬於認知控制的部份
 
海馬迴有關記憶的提取
 
結論就是
 
社會性的訊息會影響DLPFC的認知控制,使海馬迴提取出相關的訊息
 

也就是說知道品牌後會引起大腦不同區域的活動 影響你的選擇
 
 
 
 
 
 
 

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推 smt963:最好你上網能知道網路另一端的人在盯你啦!                 05/12 19:12
推 easan:             ↙煞氣a警察↗                                05/12 19:26
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推 Jayli168:樓上在通三小..... 天神第一類接觸阿                     05/12 19:55
 
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 118.171.116.201
推 knight00931:    ↙煞氣a可樂↗                                   06/27 12:43
推 jesil:顏色 會嗎                                                 06/27 12:43
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推 novarossi:Mr.Brain                                              06/27 12:44
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推 johnlinvc:   太近通不起來                                       06/27 12:44
→ johnlinvc:        ↙煞氣a可樂↗                                 06/27 12:44
推 puyo:那是因為左眼用的不夠喔XDDD                                 06/27 12:44
※ 編輯: followwar       來自: 118.171.116.201      (06/27 12:46)
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2014年7月5日 星期六

The Beginning


先從這個11年的演講說起好了(值得一看)。

Jeff Hawkins 2003年在TED的演講

雖然是11年的前的演講,至今聽來仍然產生很多想法,可謂聽君一席話勝讀十年書。

在演講中最重要傳遞的訊息是一個大腦理論,這個理論就是:

「大腦的作用就是預測,接收外在刺激,預測,修正並學習。」

看了這個演講後,這個理論幾乎變成我對腦科學研究的「理想」。

(最近手上的研究也在往這方面發展:P)

在Alexander and Brown (2011) [1] 的研究,他們所建立的模型(圖一),其實已經完全包含了Hawkins的大腦理論的概念(可見Hawkins的先見之明)。


圖一: 取自Alexander and Brown (2011) ,可以看到他們的概念就是刺激進入,大腦同時預測產生的反應,並且同時進行反應,如果有誤差,就針對誤差進行重新學習。










他們的研究顯示,大腦的額葉其實扮演著「預測者(predictor)」的角色。

再來我們看到一個更有趣的研究,不敢相信,我們是「貝氏的腦 (Bayesian Brain)」,我們不僅在預測,而且是用「機率」來預測所有可能發生的事情。

這個研究來自 Ide 等人(2013) [2],他們利用信號停止作業(圖二)以及隱藏馬可夫(Hidden Markov Model)(圖三),來估計每個人在作業中遇到停止信號的機率。


圖二: 取自 Ide 等人(2013),受試者主要的作業是看到O就趕快按鍵反應,但是有時候會出現O以後會出現X,代表停止信號,必須趕快停下按鍵 (其實這很難XD)。








圖三: 取自 Ide 等人(2013),其實要估計的是受試者在獲得前面這麼多嘗試的訊息後,究竟估計了目前嘗試會出現停止信號的機率是多少?









式子就是長下面這樣,說故事就不要跟數學糾結了,簡單以條件機率來說,就是在考慮前面所有出現過的嘗試下,目前此嘗試會出現停止信號的機率是多少。




有趣的是他們的結果,受試者對於停止信號機率的評估,顯而易見的反應在他們的行為上可以看出來。











在圖A可以看到,受試者認為停止信號出現出現機率高的嘗試,他們的反應時間也就越慢,可以想像的就是,當你認為這個時候有可能會有突發狀況出現,當然你會放慢你的動作,以應付突然而來的情況。

在圖B可以看到,受試者認為停止信號出現出現機率高的嘗試,他們的錯誤率也就越低,這也容易理解,當你認為這個時候有可能會有突發狀況出現,你會更小心去應付,隨之而來就是錯誤率的降低。

這也是速度-錯誤率權衡 (speed-accuracy trade off)現象的一個體現。

這裡要告訴我們除了Hawkins的偉大見解以外,人類的大腦不斷的在「接收-預測-學習」,並且我們預測的是發生的機率,並非發生與否,大腦是一個動態(dynamic)系統,隨時隨地都在改變。


透露一下研究:
第一個: 大腦的連結(connectivity)強度也是不斷的改變,也影響我們的行為。
第二個: 跟Ide他們的研究有關,就是拿上面的模型來算機率,目前是看到我們動態改變的行為策略XD。

[1] . Alexander, W. H., & Brown, J. W. (2011). Medial prefrontal cortex as an action-outcome predictor. Nature neuroscience, 14(10), 1338-1344.

[2] . Ide, J. S., Shenoy, P., Angela, J. Y., & Chiang-shan, R. L. (2013). Bayesian prediction and evaluation in the anterior cingulate cortex. The Journal of Neuroscience, 33(5), 2039-2047.